Fu edificata su una porzione del cimitero dell'antica parrocchia di San Giovanni in Lanero nella seconda metà del quattrocento e poi ampliata nella prima metà del cinquecento. Era la sede della confraternita della S.S. Trinità, i cui confratelli, che vestivano la cappa rossa, erano comunemente detti "battuti rossi". 

Essa raggiunse negli anni grande importanza nella vita della Città, confermata oltre che dai documenti storici, anche dalla notevole architettura dell'edificio sacro e dagli artistici arredi pervenuti, testimoni di una intensa partecipazione civile e religiosa.

Dopo un lungo periodo di decadenza che portò la chiesa sull'orlo del crollo, nei primi anni ottanta del novecento, venne data in proprietà all'Accademia di Cultura Nicese L'Erca che ne curò il restauro.

Attualmente è sede dell'associazione, che ha per scopi statutari la valorizzazione del patrimonio storico ed artistico e culturale della Città.

Degli arredi originari rimangono:

il portone d'ingresso, opera barocca di scuola nicese; la tela della "Natività";

l'altare di "San Carlo" con la vetrata originale e la bella porta dipinta del tabernacolo; gli affreschi dei quattro evangelisti ai bordi della cupola;

i tre armadi della sagrestia, importante opera dello scultore nicese Gelvino;

la croce processionale in legno con i simboli della Passione conservata nella sagrestia.

La decorazione dei muri è stata ripristinata da artigiani di scuola genovese che, avendo ripreso su cartoni gli antichi disegni originali, hanno provveduto a riportarli allo stato attuale.

Le ventuno tele di varia grandezza provengono dall'antico convento di clausura delle suore Benedettine, che sorgeva nei locali dell'attuale Ospedale S. Spirito.

Esso venne soppresso con ordinanza napoleonica e non più  ricostituito.

Le tele seguiranno le vicissitudini dell'Ospedale ed essendo totalmente trascurate, subirono un grave degrado che creò grossi problemi di conservazione e di leggibilità.

A cura dell'Accademia di cultura nicese L'Erca e con  il decisivo aiuto di enti pubblici ed aziende private si è provveduto al restauro da parte della ditta Nicola di Aramengo, sotto la direzione della Soprintendenza ai beni artistici del Piemonte.

I dipinti sono tutti a carattere religioso a eccezione del ritratto di Annibale Bigliani dei Conti di Cantoira appartenente a nobile famiglia nicese.